El Cogobierno es la forma de gobierno que tiene la Udelar toda y en particular la Facultad de Química. El mismo consiste en la participación de Estudiantes, Egresados y Docentes en todos los espacios de decisión. Tal y como lo conocemos, el Cogobierno fue conquistado, junto con otras reivindicaciones, en 1958 con la aprobación la Ley Orgánica, por la lucha sostenida de estudiantes, docentes y egresados pese a la oposición de muchos sectores externos a la Universidad.

Como se dijo anteriormente la Facultad de Química se encuentra Cogobernada por tres ordenes: el Orden Docente, el Orden Estudiantil y los Egresados. Dichos ordenes se reunen en variadas instancias, tales como las Comisiones, la Asamblea del Claustro y el Consejo de Facultad de Quimica.