Las comisiones internas son creadas a propuesta de estudiantes por resolución de la RDM, Asamblea o Congreso para trabajar temas que son de interés para los mismos. Son una buena forma de integrarse al trabajo cotidiano en la Asociación dado que en ellas se tratan temas específicos pudiendo darle a los mismos un abordaje holístico.

En las comisiones puede participar cualquier estudiante de F.Q..

Según se especifica cuando se crea cada comisión, la participación en las mismas puede ser libre o debe ser avalada por el plenario.

En general son las encargadas de asesorar al plenario en temas que trabajan además de proponer y organizar actividades en la temática que tratan.